L'objectif principal du projet est de définir des modalités de gestion et des actions concrètes afin de protéger et valoriser la ressource en eau des territoires fluviaux et de leurs bassins versants.

En protégeant et en économisant la ressource, le projet a aussi pour objectif de contribuer à restaurer et préserver la qualité environnementale liée à l'eau naturelle. Compte tenu des fortes interactions entre le milieu et les activités humaines, il participe à améliorer la cohabitation des dimensions environnementale, économique et sociale associées à la ressource en eau. Il participe aussi à améliorer la gestion globale des espaces fluviaux et de leurs bassins versants, et par là, à améliorer durablement la compétitivité des territoires.

Ces principes fondateurs du partenariat transnational constitué dans le cadre du projet FREE-MED sont mis en application en tant qu'éléments de la stratégie du projet.